日本EIMY研究所は以下の関連組織と連携して活動しています。今後、連携の輪を拡げていく予定です。
EIMY湯本地域協議会 (福島県天栄村)
NPO法人 川崎町の資源をいかす会 (宮城県川崎町)
生出地区コミュニティ推進協議会 (岩手県陸前高田市)
NPO法人 いわて銀河系ネットワーク (岩手県)
地域環境学ネットワーク
NPO法人 地熱情報研究所
いわき地域環境科学会 (福島県いわき市)
NPO法人 INE OASA (広島県北広島町)
NPO法人 賀露おやじの会 (鳥取県鳥取市)
NPO法人 日本の森バイオマスネットワーク (宮城県栗原市)